本发明涉及一种微孔介孔二氧化硅纳米粒子及其制备方法。采用双模板法，以原硅酸酯为硅源，以十六烷基三甲铵盐为主要模板剂，以碱性条件下具有负电性的双亲性分子作为辅助模板剂，以三乙醇胺为催化剂，以水为溶剂，制备单分散微孔介孔二氧化硅纳米粒子。本发明具有高比表面积，粒径、孔径、孔体积和孔形貌均可控，同时包含微孔和介孔，可独立或同时携载不同大小的分子或粒子。制备方法简单可控，未采用有毒溶剂，辅助模板剂可选范围较大，根据粒径、孔径、孔形貌和生物安全性等各方面的需要选择合适的辅助模板剂，获得理想的微孔介孔二氧化硅纳米粒子。本发明为制备各种粒径、孔径、孔体积和孔形貌的单分散二氧化硅纳米粒子提供了可行的途径。